Как оказалось, некоторые спрайты не используют альфа-канал и определяют прозрачные пиксели по "розовой" (255, 0, 255) подложке. Для таких спрайтов необходимо сохранять цвет прозрачных пикселей (розовой подложки) при экспорте или сохранять без альфа-канала (просто в RGB).
Список всех спрайтов и используют ли они альфа-канал: https://tempfile.org/uyrN84ML6Mv/