На моём железе хорошо работали описанные здесь настройки: https://wiki.rpcs3.net/index.php?title=Drakengard_3
2. В каком плане — “выходить”? Если сделать оконным, то двойной клик на экране, либо альт-энтер. Если полностью закрыть окно, то стандартный альт-ф4 :-)
3. По главам. Но, по прошествии главы, её можно перепройти, начиная с любой контрольной точки.
4. Связаны, но в какой мере — лучше узнать из самой игры)
5. Эмулятор распаковывает установочный файл в свою папку, и работает уже с ней. Удалить её можно как и вручную, так и из эмулятора (по идее, никогда сам не удалял).