Скорее всего:
Монстры в катакомбах появились позже, чем древнее братство, называвшееся (которое называлось) орден Прометея
Так как один из вариантов перевода "were after" - позже, чем что-либо (о времени)
Или тогда так:
Монстры в катакомбах преследовали древнее братство, которое называлось орден Прометея
Но точнее надо смотреть по контексту.