Я лично уже при прочтении слов, транскрибированных по системе Хепберна, автоматически смягчаю звуки и “ш” звучит как короткое “щ”, а “о” уже ближе к “ё” и т. п. Понятно что в русском языке есть уже привычные слова, такие как камикадзе и ниндзя. И то для меня стало уже привычным читать их как камиказе и нинджа, естественно, как говорил ранее, мозг автоматически изменяет звучание “е” к “э” и смягчает “дж”. С системой Поливанова мне уже тяжелее проводить такой трюк. Звучание ちゃん мне легче добиться от чан, чем от тян, хотя последнее уже более привычно для нас. Это все дело вкуса и привычки. Вы сами тоже, скорее всего, привыкли к гейша и рикша, чем к гейся и рикся по Поливанову.